institut fédératif de recherche thérapeutique de Nantes
Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale
université de Nantes
centre hospitalier universitaire de Nantes
La plate-forme transcriptome fait partie des cinq plate-formes créées dans le cadre d'OUEST genopole. Elle a un rôle d'innovation, de formation, de service et de diffusion des connaissances et du savoir-faire pour permettre au plus grand nombre d'équipes d'accéder dans de bonnes conditions aux technologies Puces à ADN et PCR quantitative.
Elle est ouverte à tous les laboratoires d'OUEST genopole. Elle intéresse plusieurs laboratoires de l'INSERM, l'INRA, du CNRS et de l'IFREMER. L'objectif est de développer des puces dédiées par organes, par cellules ou par fonctions contenant des sous-ensembles de marqueurs d'intérêt pour le système étudié : développement, pathologie, réponse pharmacologique, stress... L'objectif est aussi d'intégrer les résultats obtenus avec les données d'autres approches expérimentales : protéomique et histologique (tissue-array). Les analyses PCR à grande échelle sont évidemment complémentaires des approches puces.
L'Action Transcriptome de OUEST-genopole, dirigée par Rémi Houlgatte, associe les savoir-faire complémentaires en matière de Puces à ADN, à Nantes au sein de l 'institut du thorax et de l'IFR 26, à Rennes au sein de l'UMR CNRS 6061 de l'IFR97, et en matière d'amplification génique quantitative à Nantes, au sein de l'Unité INSERM U437. Depuis plusieurs années, l'objectif de nos laboratoires a été de développer des connaissances dans l'analyse du transcriptome dans les domaines cardio-vasculaire (insuffisance cardiaque, troubles du rythme, pathologies veineuses), neuro-musculaire (dystrophies) et immunologique (transplantation, vaccination HIV, maladies auto-immunes). Les trois laboratoires ont développé une pratique de la post-génomique fonctionnelle à grande échelle qui a abouti à la création d'une plate-forme de OUEST genopole.
Cette action transcriptomique est implantée sur deux sites principaux, Nantes et Rennes. La plate-forme de référence (RIO) est la plate-forme nantaise implantée dans l'IFR 26 (Directeur : Jacques LEPENDU). Les travaux d'innovation technologiques et informatiques, de formation et de service se développent en coordination avec le plateau technique de Rennes et les installations qui s'implantent dans les autres laboratoires au fur et à mesure de la diffusion de la technologie.
L'acquisition des premiers résultats "à grande échelle" ont fait prendre conscience de la nécessité d'acquérir des compétences en bioinformatique, pour traiter les résultats, et pour gérer de grandes quantités d'objets biologiques avec les données associées. Nous avons donc établi des collaborations dans un premier temps avec l'Ecole Polytechnique de Nantes (Gérard RAMSTEIN), puis avec l'IRISA de Rennes dans le cadre de la plate-forme Bioinformatique de OUEST genopole. L'objectif du développement des programmes informatiques est de permettre une analyse à plus grande échelle et d'intégrer des phénomènes biologiques qui nous intéressent.
L'Action Transcriptome OUEST-genopole est composée :